การหาบริเวณแอคทีฟในเอนไซม์อะมิเดสและความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการระหว่างเอนไซม์ที่สลายพันธะ เอไมด์กับเอนไซม์สลายพันธะเพปไทด

การศึกษาก่อนหน้าที่ใช้ตัวยับยั้งหลากหลายจัดเอนไซม์อะมิเดสอยู่ในกลุ่มของซัลไฮดริลเอนไซม์แต่ยังไม่มีการทดลองที่ยืนยันข้อสรุปดังกล่าว คณะผู้วิจัยจึงได้สร้างชุดของการทดลองการศึกษามิวเตชั่นแบบตรงจุดเอนไซม์อะมิเดสของ Rhodococcus rhodochrous J1 ที่เกี่ยวข้องในเมแทบอลิซึมของไนไตร์ลจากผลการทดลองพบว่ารีคอมบิแนท์อะมิเดสที่ผลิตใน Escherichia coli อยู่ในรูปของอินคลูชั่นบอดีซึ่งมีการแยกและทาบริสุทธิ์ต่อมา จากการเปลี่ยนแปลงกรดอะมิโนซีสเตอีนตาแหน่งที่203 (Cys203) ซึ่งคาดว่าเป็นบริเวณแอคทีฟ ของเอนไซม์อะมิเดสเป็นกรดอะมิโนอะลานีน (Aln) พบว่าเอนไซม์มีค่าแอคติวิตีจาเพาะเหลืออยู่ร้อยละ 11.5 จากค่าแอคติวิตีเดิม ในทางตรงกันข้ามการแทนที่กรดอะมิโนในตาแหน่งใกล้เคียงกับกรดอะมิโนซีสเตอีนตาแหน่งที่ 203ส่งผลต่อค่าแอคติวิตีจาเพาะของอะมิเดสมากขึ้น การแทนที่กรดอะมิโนแอสปาติกตาแหน่งที่191 (Asp191) ด้วยกรดอะมิโนกลูตามิก (Glu) สามารถลดค่าแอคติวิตีจาเพาะของเอนไซม์อะมิเดสลดลงเหลือร้อยละ 1.33 ของแอคติวิตีเดิม นอกจากนี้การแทนที่กรดอะมิโนแอสปาติกตาแหน่งที่ 191 (Asp191) ด้วยกรดอะมิโนแอสพาราจีนและการแทนที่กรดอะมิโนเซรีนตาแหน่งที่ 195 (Ser195) ด้วยกรดอะมิโนอะลานีนส่งผลยับยั้งค่าแอคติวิตีอย่างสมบูรณ์ซึ่งดูเหมือนว่าจากจานวนกรดอะมิโนภายในลาดับลายเซ็นในเอนไซม์อะมิเดสทั้งหมดพบว่ากรดอะมิโนที่เกี่ยวข้องกับบริเวณแอคทีฟที่แท้จริงของเอนไซม์อะมิเดสคือ กรดอะมิโนแอสปาติกตาแหน่งที่ 191 และกรดอะมิโนเซรีนตาแหน่งที่ 195 มากกว่ากรดอะมิโนซิสเทอีนตาแหน่งที่ 203และเนื่องจากพันธะเอไมด์(CO-NH2)ในสารตั้งต้นเอไมด์มีโครงสร้างที่ไม่ต่างกันมากจาก
พันธะเพปไทด์ (CO-NH-) และเมื่อเปรียบเทียบลาดับลายเซ็นของเอนไซม์อะมิเดสต่างๆกับบริเวณแอคทีฟของเอนไซม์โปรติเอสจะพบว่ากรดอะมิโนแอสปาติกและกรดอะมิโนเซรีนคือกรดอะมิโนแอสปาติกตาแหน่งที 191 และกรดอะมิโนเซรีนตาแหน่งที่ 195 ของเอนไซม์อะมิเดสจาก Rhodococcus อยู่ภายในลาดับกรดอะมิโนในบริเวณแอคทีฟของเอนไซม์แอสปาติกโปรติเนสซึ่งแสดงถึงความสัมพันธ์ทางวิวัฒนาการของเอนไซม์ทั้งสองกลุ่ม

REF. Proc. Natl. Acad. Sci. USA pp (1997) 94, 11986-11991